時は２０ｘｘ年。この時代にはコムネットと呼ばれるさまざまな仮想現実世界を提供できる ネットワークシステムが発達していた。私立スクロール学園に通う 春日結はパソコンが大の苦手の中学生二年生。 課題をこなすために端末と格闘しているとＩ．Ｒ． と名乗るソフト がコンタクトしてきた。結はＩ．Ｒ．から意外な事実を告げられる。コムネットを管理する 中央管理プログラム・グロッサーがその本来の任務を逸脱し、 人間の世界を支配しようとしているというのだ。 Ｉ．Ｒ．に誘われコムネットに入った結は、彼女の父伸一の作ったネット：銀河ランドでグロッサーの配下、 グロッサー四天王が破壊活動を行っている現場に遭遇する。ありあわせのアイテムとＩ．Ｒ．の力で 四天王を退けた結は喜び、コレクター･ユイと名乗ってコムネットの平和のために活躍してゆくことにする。

　Ｉ．Ｒ．はコムネットの開発総責任者犬養博士 がグロッサーを封じるために作った８つのソフト、コレクターズ の一つであった。コムネットに散った残るコレクターズを探し出すため、 そして四天王の攻撃からコムネットを守るために結はＩ．Ｒ．とともに日夜駆け巡った。 結は時には合流したコレクターズのソフトたちと力をあわせ、時にはノリと勢いに任せ、 時にはあきらめることを知らないガッツで危機を乗り越えてゆく。

　その間に密かにグロッサーは結の親友 如月春菜に手を伸ばしていた。 コムネットに春菜を誘い込み、彼女と知り合いだった犬養博士の姿を借りてある説得を行い 同意させる。
　グロッサーの攻撃のあと記憶喪失となってコムネットを放浪していた犬養博士をようやく発見し、 保護するユイとコレクターズたち。 が、記憶を取り戻した博士の口から意外な言葉を聞く。 かねてから博士は８つのコレクターズソフトに人間のコレクターを加えることが必要と考えており、 Ｉ．Ｒ．が意中の人物を探知できるよう仕組んでいた。しかしそれは結ではなく春菜だというのだ。 困惑するコレクターズたち。犬養博士に謝罪された結は春菜に後を任せコレクターから身を引くが、 その心には大きな穴があいた。春菜は改めてコレクターズと顔合わせし、コレクターとして働き始める が互いの違和感を拭うことができない。

　結は自分がコレクターを続けてゆきたいという気持ちを押さえつけていたことに気づき、 春菜は自分はコレクターを続けてゆけないという気持ちを押さえつけていたことに気づく。 二人はコレクターズに自分たちの正直な気持ちを吐露する。その途端グロッサーの罠が発動。 春菜は悪魔のような姿に変化してしまう。 この春菜にはもはや初期化(イニシャライズ)は効かず、 コレクター･ユイは自分が春菜に倒されるか、 それとも彼女を消去(デリート)するかの二者択一に追い込まれた。 しかしユイはその窮地を乗り越え第三の答えを引き寄せてみせたのだった。

　グロッサーの所在を突き止め、最後の決戦に臨むユイとコレクターズたち。 その中でユイはグロッサーの本当の目的、人間の支配などではない真の目的を知る…。